细胞 marker 是指在一种细胞类型中高表达，而在其他类型中低表达或不表达的基因。寻找细胞 Marker 并注释是单细胞分析中重要的一环，包括 3 个步骤：自动注释（Marker-based automatic annotation）、人工注释（manual cell annotation）和验证（Verification）。 其中，人工注释依赖于参考文献和数据库的辅助，专业的人工注释通常被认为是细胞注释的金标准。本文将介绍一些主流的 Marker 数据库。 CellMarker CellMarker 搜集了人类和小鼠各组织器官的经典标志物，来源有：Single-cell sequencing、Experiment、Review 和 Company。尽量选择单细胞（Single-cell sequencing）来源的 Marker。CellMarker 的检索交互是最舒服的，也是我使用频率最高的。 PanglaoDB panglaoDB 是 2019 …