Featured image of post 宏基因组中病毒序列的宿主预测

Introduction

在宏基因组学的研究领域中,对病毒序列宿主的预测已经成为一项极具挑战性但又至关重要的任务。病毒是一种非细胞生命形态的微生物,它们必须依赖宿主细胞才能进行繁殖和生存。然而,在复杂的生态环境中,病毒所感染的宿主往往是未知的。病毒宿主预测就是通过各种技术手段和方法,利用病毒基因组中的信息来推测其可能感染的宿主(如细菌等微生物)的过程。

目前已有的宿主预测方法已经有很多了,比如2022年前就有以下工具:

名称 模型 描述 预测水平
WIsH 马尔可夫模型 针对潜在宿主基因组训练了一个同质的马尔可夫模型,并计算原核生物基因组作为查询病毒宿主的可能性 …