Introduction
病毒在生态系统中扮演着关键角色，宏基因组中病毒序列的鉴定十分重要。我之前已经介绍过了从宏基因组中鉴定病毒序列的常用方法，包括geNomad，DeepVirFinder，VirSorter2等，以及后续的质量评估方法。
这方面的方法发展还是很快的，最近（2024/07/04），复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华与团队在Genome Biology上发表研究，开发出一种人类肠道微生物基因组语言混合表征学习框架VriRep，能够整合基因组语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环境中的病毒基因组。</ …