Introduction
Panaroo是一个用于微生物泛基因组分析的高效工具，专门设计用于处理来自不同菌株的基因组注释数据。该工具通过图论方法整合和校正基因注释，能够有效识别和纠正注释错误、检测结构变异，并重构准确的泛基因组。Panaroo支持多种输入格式（GFF3、GenBank等），提供严格、中等和敏感三种运行模式，适应不同质量数据的需求。主要功能包括基因聚类、缺失基因重发现、并行处理、核心基因组对齐等。与传统工具相比，Panaroo在保持高精度的同时，显著提高了对注释错误的鲁棒性，特别适用于大规模微生物基因组比较研究。
文章介绍
研究背景与问题陈述
微生物基因组学研究经常涉及多个菌株的比较分析，传统的泛基因组分析工具（如Roary）在处理大规模数据集时面临诸多挑战。注释软件（如Prokka）在不同基因组中可能对相同基因序列产生 …