Introduction
确定基因序列之间的系统发育关系是比较生物学研究的基础。它为理解地球上生命的进化和多样性提供了框架，并能够在生物体之间推断生物知识。鉴于此过程对生物研究多个领域的核心重要性，人们开发了一系列不同的软件工具，试图在给定用户提供的基因序列集的情况下识别这些关系。
在基因组学和进化生物学中，直系同源、旁系同源和正交群是重要的概念：
- 直系同源（Orthologs）： 直系同源基因是在不同物种中通过共同祖先的基因分裂而产生的。这类基因通常具有相似的功能，因为它们在不同物种间保留了原始基因的功能。
- 旁系同源（Paralogs）： 旁系同源基因是由于基因重复而在同一物种内形成的。这些基因可能会演化出不同的功能，因为它们不再受到相同的功能限制。
- 正交群（Orthogroups）： 正交群是一个集合，包含了来 …