Introduction
上次记录了一下qiime2的扩增子分析流程。但是实际使用时，在最后一步物种注释时卡住了，如果使用常用的feature-classifier方法，我尝试使用unite数据库鉴定了100条ITS序列，居然用了半个小时！尴尬的是，我有整整10万条ASV序列，这得跑到猴年马月。我想到做宏基因组时，千万级数量的reads用kraken做物种注释也不需要这么久，肯定有快的方法的。
然后发现Kraken用于16S已经有文章了： Lu, J., Salzberg, S.L. Ultrafast and accurate 16S rRNA microbial community analysis using Kraken 2. Microbiome 8, 124 (2020). <a class=“link” …