Introduction
微生物群体中存在遗传异质性，新的遗传多态性可以通过突变迅速出现，其频率会因漂变、选择或链接选择而变化。在人类个体的微生物群系中，每天可能会产生数十亿到数万亿的新突变。这些差异可能具有临床意义，例如，肠杆菌科的抗生素抗性可能由仅三个点突变引起。
传统方法通过分离和分析多个细胞来研究这些变异，现代则使用基因组解析宏基因组分析，从环境中提取和测序DNA，并通过计算工具组装和分箱这些DNA序列。虽然短读长测序无法准确确定群体中的完整单倍型，但这种技术可以同时分析微生物群体中的所有物种，识别基因变异及其频率，并衡量群体内的异质性。
inStrain 是一种用于分析宏基因组中共存基因组群体的工具，于2 …