Introduction
我学习微生物组分析的过程是从shot-gun 宏基因组数据分析开始的，反而没怎么做过相对更早更成熟的扩增子测序的上游分析😂，最近刚好有需求，还是自己学习并搭建一下自己用的比较舒服的流程吧。
扩增子（Amplicon）分析是研究微生物群落组成与功能的核心方法之一，特别是在生态学、医学和环境科学领域。通过对目标基因区域（如16S rRNA、18S rRNA、ITS）的特异性扩增与测序，扩增子分析能够高效揭示样本中微生物的多样性和群落结构。相比宏基因组测序，扩增子分析具有成本低、处理流程简化等优势，适用于大规模样本研究。
扩增子分析的核心原理是通过聚合酶链式反应 (PCR) 技术，对目标微生物基因片段进行特异性扩增和测序，以解析微生物群落组成及其多样性。通常选择的目标片段为具有保守区域和高变异区域的基因，如细菌的16S rRNA基因、真菌的ITS区等。保守区域用 …