Perl一直是生信领域工作人员习惯使用的编程语言,在处理序列文本方面有着得天独厚的优势。但是,目前生信领域可使用 Perl 的场景也都可以使用 Python,另外 Python 还在是数据分析机器学习相关方法的重要编程语言,我认为 Perl 会逐渐退出生信分析的历史舞台。由于Perl 5 和 Perl 6 不相互兼容,Perl 6在去年正式改名叫Raku,不少人也会从 Perl 转向其他社区活跃的编程语言。早在2010年左右,国内的 Perl China 还在组织一些定期的交流活动,但是现在已经找不到这个网站。使用Perl的这批人,已经进入了中年,没有时间和精力活跃在社区。Perl China 邮件列表里上一封邮件的发送日期还是2019年5月,目前估计都转战其他联系平台(微信群和slack)。

那么为啥现在还有那么多生信初学者在学习Perl呢?个人观点是由于目前做到PI的人,在他们学习生信的时期,主要用的是 Perl 语言,所以由于这种惯性,我们还会在很多 lab 招聘信息上看到要求应聘的生信博士们要会Perl。常用的由Perl编写的最有名生信软件是Annovar。除此之外,<code …